Основную задачу своей философии Шеллинг усматривает в том, чтобы внести идею развития в понимании всего сущего и тем самым представить диалектику как учение о развитии бытия и мышления. Но развитие, справедливо считает Шеллинг, – это восходящее движение. Оно должно начинаться с чего-то, иметь исходное начало, причем самое простое начало. Трудности философии Канта и Фихте убеждали Шеллинга в том, что философия объективной диалектики не может исходить из признания независимого от сознания объекта, как и не может брать в качестве начала фихтеанское «Я». И поэтому исходным началом своего учения о диалектике Шеллинг в своих работах «Идеи философии природы» и др. объявляет положение о природе как становлении духовного бессознательного начала. Развитие природы идет через ряд все более и более высоких ступеней развития. Это развитие обусловлено диалектическим единством противоположностей, прообразом которых может быть полярность полюсов магнита: они одновременно и связаны между собою и взаимопротивоположны. Это – первое проявление мирового закона, который далее выступает в положительных и отрицательных зарядах электричества, в противоположных отношениях кислот и щелочей, полярных отношениях воспроизведения в живой природе (отношения полов), раздражимости и чувствительности и т.д. Вся природа – великий организм, в котором противоположности гармонически разрешаются.

В сочинении «Система трансцендентального идеализма» Шеллинг развивает мысль, что над рассудком и его логическими формами властвует закон непротиворечия, запрещающий противоречия мыслей. Поэтому познание диалектики природы осуществляется посредством интуиции и доступно лишь философскому и художественному гению.

Однако идея первичности бессознательного, которое в абсолютном тождестве выполняет роль толчка развития этого тождества через природу к человеческому интеллекту неизбежно привела Шеллинга к попыткам создания «философии откровения», которая ищет истину по ту строну границ разума – в «религиозном опыте». Попытка пропаганды этой философии провалилась. Но все другие философские идеи Шеллинга оказали плодотворное влияние на последующее развитие философии и прежде всего на формирование взглядов Гегеля.