Преобладающей в отечественных исследованиях была заимствованная из западных публикаций идея интеграции уровней, которая сосредоточила внимание на принципе прогрессирующего объединения элементов при становлении, воспроизведении иерархии, и совершенно игнорировала те макросистемы, в которые эти элементы, объединяясь, входят. По своей сути исходная установка была чисто классификационной, безотносительной к объективной реальности, но она очень хорошо вписывалась в марксистскую идею бесконечности прогрессивного развития.

Как правило, уровень рассматривается редукционно как совокупность некоторых элементов, например, уровень элементарных частиц, уровень атомов, уровень молекул и т.д. Из поля зрения выпадают системы, которые образуют (объединяют) перечисленные элементы. Так, уровень элементарных частиц - это по сути космос до возникновения всех остальных, более поздних образований. В разгар бума публикаций по структурным уровням материи алогичность была нормой (что естественно при анализе вещественно-телесных образований), поэтому предложение рассматривать иерархию элементов вместе с системами этих элементов (В.В. Орлов, А.Н. Коблов, Е.Т. Фаддеев, В.В. Семёнов) прошло просто незамеченным.

Недостаточность одного только интегративного принципа включения (низшего в высшее) была очевидна. А.Н. Коблов писал, что недостатком концепции уровней « . является то, что рассматривают высшее только как организацию элементов низшего, как результат интеграции низших частей в высшее целое. Применение языка целого и части, системы и элементов к соотношению высшего и низшего, хотя и обнажает некоторые аспекты этого соотношения, однако не даёт исчерпывающего решения проблемы, ибо высшее и низшее равно есть системы (целые). Необходимо рассматривать соотношение не части и целого, а низшего целого и высшего целого, соотношение не элементов и системы, а низшей системы и высшей системы и их элементов» [114, c. 9 - 10]. Автор обращает внимание не на абстрактные принципы, порождающие совершенно нечёткое представление об иерархии, а конкретно на иерархию систем, в которой параллельно можно выделить ещё и иерархию элементов этих систем (рефлексия рядов в иерархии уровней).

Интуитивно ориентированный на субстанциальность подход не привлёк к себе внимания, не был сопоставлен с разработками по элементарности и о нём благополучно забыли не только современники, но и сами авторы. Между тем было обращено внимание на то обстоятельство, что при всём многообразии предлагаемых конкретных схем иерархии можно обнаружить и выделить две тенденции явно противоположной направленности. Образно их можно представить так:

1. В первой тенденции реализуется принцип прогрессирующей дифференциации классического типа, который восходит к космологическим построениям Демокрита и до сих пор служит основой конструкции большинства космогонических теорий (а методологически представлен в основном в естественнонаучных или общенаучных исследованиях). В нём происходит выделение из исходной системы или формы движения (если её локализовать в пространстве) таких образований, которые как генетически более поздние являются и более высшими системами по отношению к исходной системе. В прогрессивном выделении каждой высшей последующей системы из предыдущей и происходит становление иерархии примерно в такой последовательности: Метагалактика ← галактика ← солнечная система ← планета ← биосфера ← популяция и т.д. (стрелки в этой конусообразной иерархии указывают на направленность включения высшего в низшее). Очевидно, что последующие системы дифференциации находятся внутри предшествующих, то есть высшее пространственно включается в низшее, реализуя конусообразный вид иерархии.

2. Во второй тенденции при построении схем иерархии ведущим принципом является интеграция. Исторически он оформился в теорию лишь в ХХ веке в русле развития концепции структурных, или интегративных, уровней материи. В отличие от первого подхода последовательность уровней тут представлена в обратном порядке: атомы → молекулы → макротела → … → звезда → галактика → метагалактика.