Доминирующим в новое время является представление о противостоянии субстанции мыслящей и субстанции протяженной, познающего субъекта и природы как предмета познания. Космос существует независимо от человека, от его духовного мира и подчиняется объективным законам развития. Такая установка отодвигает на периферию проблему макрокосмоса и микрокосмоса, но и она обнаруживается у Гердера, Гете, Шопенгауэра, Шеллинга, Лотце. Центральное место понятия макрокосмоса и микрокосмоса занимает в философских системах с мистическим уклоном. Н.Бердяев сделал идею макрокосмоса и микрокосмоса одной из главных в своей религиозной философии именно потому, что он противопоставлял ее рационалистической критической философии нового времени. Познать Вселенную, согласно Бердяеву, может лишь тот, кто сам есть вселенная, кто способен включить ее в себя. Человек космичен по своей природе, он – центр бытия, микрокосм, который содержит в себе все элементы вселенной, все ее свойства и качества. Религиозная философия и есть внутреннее познание мира через человека, в то время как наука есть внешнее познание мира вне человека.

В 20 в. кризис наукоучения вновь приводит к постановке вопроса о родстве духовного мира человека и мира природы, космоса, что одновременно свидетельствует о кризисе рациональности нового времени. Развитие философии в 20 в. (экзистенциализм, герменевтика, постпозитивизм), а также фундаментальные изменения в области естествознания ставят под вопрос правомерность противопоставления субъекта и объекта, человеческой духовности и космоса, но намечающиеся решения этой проблемы обходятся без понятий макрокосмоса и микрокосмоса.