Ее основателем является выдающийся мыслитель, реформатор индийской логики Дигнага. Он был брахманом из Южной Индии, однако принял буддизм, постригся в монахи и стал учеником Васубандху, но разошелся с учителем по вопросам логики и основал собственную школу, тогда как преемниками Васубандху стали Стхирамати и Дхармапала. Логическую реформу Дигнаги закрепил Дхармакирти (вторая половина VII в.), который придал новой школе ее окончательный вид. Значительный вклад в развитие логики и эпистемологии поздней йогачары внесли философы, сочетавшие йогачару с умеренной мадхьямакой, – Шантаракшита и Камалашила. Эта школа, пожалуй, наиболее хорошо изучена как в российской науке (благодаря пионерским трудам Ф.И.Щербатского), так и в зарубежной (только по философии Дхармакирти за последние десять лет были проведены две представительные международные конференции).

До логической реформы Дигнаги-Дхармакирти все индийские философы (как буддийские, так и брахманские) пользовались логическими методами брахманистской школы ньяя. Теперь буддизм стал в области логики и эристики значительно сильнее, чем брахманизм, и буддисты стали очень опасными оппонентами в традиционных диспутах. Но здесь мы сталкиваемся с историческим парадоксом: с одной стороны, буддисты стали практически непобедимыми диспутантами, а с другой – именно в эпоху расцвета поздней йогачары буддизм окончательно утрачивает свои позиции в обще индийском масштабе, уступая все больше и больше натиску возрождающегося индуизма. Видимо, экзальтированная любовь к личному Богу (бхакти), которую проповедовали и воспевали индуистские аскеты-бхакты альвары и наянары, и вера в блаженное слияние с божественным Возлюбленным оказались ближе и нужнее народу, нежели ученое превосходство и диалектический блеск буддистов. К тому же в это время в рамках брахманской индуистской традиции окончательно сформировалась адвайта-веданта. Эта система удачно сочетала в себе сильные стороны буддийской философии и индуистской теологии, что и сделало ее в глазах брахманов удачной и эффективной альтернативой буддизму.

Поздняя йогачара полностью господствовала в монастырских университетских центрах Индии VIII-XII вв., откуда она и попала в Тибет, где стала основой монастырского образования: именно с ее логики и эпистемологии начиналось философское образование (цанид) в Стране Снегов. Но в Китае (и вообще на Дальнем Востоке) поздняя йогачара осталась практически неизвестной (ее открытие там относится во многом уже к XX в., когда она обратила на себя внимание крупного философа так называемого постконфуцианского направления Сюн Ши-ли).

Поздние йогачарины фактически отказались от концепции алая-виджняны, сочтя ее неким надэмпирическим метафизическим допущением, принятие которого противоречило их установке на радикальный эмпиризм. Однако они расширили объем понятия васана, активно используя его в своей философии. Например, такой васаной, конвенциональной "стародавней привычкой", с точки зрения поздних йогачаринов, является язык.

Отказались они и от учения о трех уровнях реальности, вернувшись к принятой мадхьямиками модели двойственной истины (условной и абсолютной). С другой стороны, поздние йогачарины еще более отчетливо сформулировали учение об объекте восприятия как результате ментального конструирования. Здесь важную роль сыграл Шантаракшита, разработавший знаменитую теорию сахопаламбхади, согласно которой объект чувственного восприятия тождествен комплексу самих восприятий (например, синий лотос есть не что иное, как комплекс определенных зрительных, обонятельных и осязательных восприятий), что очень близко основному тезису философии Беркли. Вместе с тем они полагали, что за этими ментальными конструкциями скрыт некий "чистый бескачественный объект", трансцендентный операциям и формам сознания и данный в его истинности в первичном акте чувственного восприятия (пратьякша). Именно этот аспект поздней йогачары позволил Ф.И.Щербатскому называть ее трансцендентальным, или критическим, идеализмом, в отличие от "догматического идеализма" школы Асанги-Васубандху. Поздние йогачарины предлагают очень утонченный анализ познавательного процесса, в ходе которого уже на первых ступенях практически мгновенного акта восприятия стержень познания – "чистый объект" окружается непроницаемой оболочкой ментальных конструктов и проекций (кальпана)36. На этом основании позднюю йогачару иногда называют "саутрантика-йогачара", поскольку "репрезентационисты" – саутрантики, с одной стороны, признавали существование "внешней" реальности, трансцендентной сознанию, а с другой – допускали принципиальную неадекватность ее отражений в сознании воспринимающего субъекта. Другими словами, они проводили различие между объективной реальностью и ее явлениями сознанию. Однако, в отличие от саутрантиков, йогачарииы отказывались рассматривать внешние объекты как причины существования идеаций-явлений в силу принципиальной невозможности (по учению йогачары) непосредственного восприятия чего-либо, трансцендентного сознанию. В конечном итоге в философии поздней йогачары само сознание является себе же в акте чувственного восприятия.